清雲寺は、三浦氏の初代とされる三浦為道（村岡為道）から数えて第3代当主にあたる三浦義継が、父・為継の供養のために建立した寺院です。
本堂の背後には、三浦為継の墓と伝わる五輪塔があります。また、その両脇には、三浦氏初代の為道と義継の墓と伝わる五輪塔が並んでいて、三浦氏の初代から第3代までの墓がそろって並んでいます。
もともと三浦為道と義継の墓は、清雲寺からもほど近いところにあった円通寺（廃寺）の深谷やぐら群に安置されていましたが、昭和初期に、旧海軍の弾薬庫建設のため清雲寺に移されました。
このとき、円通寺の本尊・観音菩薩坐像（通称「滝見観音」）も移され、現在は清雲寺の本尊として親しまれています。
また、清雲寺は、東国花の寺百ヶ寺の神奈川第4番札所（オミナエシの寺）に認定されています。
| 山号 | 大富山 |
| 宗派 | 臨済宗円覚寺派 |
| 寺格 | ― |
| 本尊 | 観音菩薩（滝見観音） |
| 創建 | 1104年（長治元年） |
| 開山 | 不詳 |
| 開基 | 三浦義継 |
INDEX
清雲寺の三浦氏三代の墓
三浦氏の初代である三浦為道（村岡為道）は、桓武平氏の流れをくむ坂東平氏の子孫です。
為通は、平安時代後期に起こった前九年の役での戦功によって源頼義から相模国三浦に領地を与えられ、地名から「三浦」姓を名乗るようになりました。本拠地として衣笠城を築いたのも為通です。（諸説あり）
為道の子で三浦氏の第2代・為継は、後三年の役に源義家が率いる源氏方として参戦しました。同じく源氏方として戦った鎌倉権五郎景政との、景政の左目に刺さった矢を為継が顔に足をかけて抜こうとして逆上されたというエピソードが知られています。
三浦氏の第3代・義継は、父・為継の菩提寺として、清雲寺を建立しました。義継は、子の義明とともに源義朝に仕えて相模国での勢力を拡大し、平安時代末期から鎌倉時代初期にかけての、三浦一族繁栄の基盤をつくりました。
清雲寺には、そんな、三浦氏宗家の初代当主の為道から、第2代・為継、第3代・義継の墓とされる五輪塔が並んで立っています。
三浦氏ゆかりの幻の寺院 円通寺
清雲寺の本堂の背後に並ぶ三浦氏三代の墓のうち、中央の五輪塔が第2代・為継の墓と伝わるものです。その両脇の五輪塔2つが、初代・為道と第3代・義継の墓とされていますが、左右それぞれがどちらのものかは分かっていません。
初代・為道と第3代・義継の墓は、円通寺（圓通寺）から移されたものです。
円通寺は、三浦為道が、清雲寺とちょうど大通り（現在の久里浜田浦線）を挟んだ反対側の場所に開いたとされている寺院ですが、その規模や詳しい場所までは分かっていません。
「新編相模国風土記稿」の「三浦氏古墳図」などから、円通寺の裏山には三浦一族の墳墓とされる「やぐら」（鎌倉時代の横穴式の墓または供養の場）群があったことが分かっていて、少なくとも中世には、三浦氏にとって重要な寺院であったことが想像できます。このやぐら群は、このあたりの旧地名から、「深谷やぐら群」と呼ばれています。
深谷やぐら群には最低でも21か所のやぐらが確認されていて、三浦氏の初代・為道と第3代・義継の墓とされる五輪塔は、その最上部のやぐらに安置されていました。
円通寺は、江戸時代後期の1839年（天保10年）にお堂が村民に売り払われ、1939年（昭和14年）には旧日本海軍弾薬庫設置のため、三浦氏の初代・為道と第3代・義継の墓とされる五輪塔や本尊の観音菩薩坐像が清雲寺に移されました。
観音菩薩坐像（通称「滝見観音」）は、南宋時代の中国で製作されたものと考えられていて、国指定重要文化財になっています。
旧日本海軍弾薬庫は戦後、海上自衛隊大矢部弾火薬庫として使用されてきましたが、2003年に田浦地区へ移転したため、現在は廃止となっています。海上自衛隊大矢部弾火薬庫の跡地は、横須賀市によって整備が計画されています。
旧軍施設の跡地によくある話ですが、宅地化などの大規模な開発の手を逃れて、長い間立ち入りが制限されてきた場所であるため、深谷やぐら群や円通寺跡（円通寺は弾薬庫設置時点ですでに廃寺）の保存状態は良好であると考えられます。
佐原氏によって整備された 深谷やぐら群
深谷やぐら群の最上部にあった三浦氏の初代・為道と第3代・義継の墓には、千手観音の石像と、石製の塔婆「石造板碑 文永八年在銘」が立っていたと言われ、「石造板碑 文永八年在銘」は為道と義継の墓とともに清雲寺に移されて、現在も墓の前に立っています。
「石造板碑 文永八年在銘」は、秩父産の石を用いた武蔵型板碑と呼ばれるもので、高さが140cmあります。中央には「文永八年五月十四日左衛門小尉平盛信」と刻まれています。平盛信とは、三浦一族の佐原盛信のことです。
三浦一族は1247年（宝治元年）に起きた宝治合戦で北条氏方に敗れて滅びましたが、佐原盛信はそのときに北条氏方について生き残った三浦氏佐原流の子孫です。
三浦氏佐原流は三浦氏宗家として三浦氏を再興して、鎌倉幕府が滅亡した後も勢力を拡大していき、その系譜は戦国大名の相模三浦氏へと受け継がれていきます。
この「石造板碑 文永八年在銘」は、1271年（文永8年）に、盛信が父・光盛の十三回忌に供養のために建てたもので、為道と義継の墓があったやぐらも、その前後に整備されたものと考えられています。
このやぐらの下には、1213年（建暦3年）に起きた和田合戦で討ち死にした、三浦一族の和田氏とその家人の墓と伝わるものも存在していました。
清雲寺に伝わる毘沙門天立像は、円通寺より観音菩薩坐像（滝見観音）が移される前の旧本尊で、和田合戦で和田義盛に向けて放たれた矢を受け止めたという伝承が残ることから、「矢請けの毘沙門天（箭請毘沙門天）」と呼ばれています。
